公司坚持“在保护中开发、在开发中保护”的方针，在矿产资源开发和生态环境保护中以最少的矿产资源消耗支撑经济社会持续发展。截至2023年，云天化已有七座矿山被评为国家级绿色矿山。旗下磷化集团自1984年起进行矿山复垦植被，累计面积超过了5.6万亩，被评为“全国土地复垦先进单位”、“全国环境保护先进单位”。

公司推行“绿色全量资源化”的磷产业开发模式，攻克了中低品味胶磷矿浮选产业化的世界性难题，其磷矿资源利用率大于97%，技术上全球领先，使云天化磷矿更清洁，植物吸收利用率高。